Sequencher是一款專業(yè)強(qiáng)大的DNA序列分析入拼接工具。通過(guò)將最新的命令行的同行評(píng)議NGS算法使臺(tái)式科學(xué)家進(jìn)入一個(gè)直觀的指向和點(diǎn)擊界面。它是DNA序列分析的工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)軟件。它可以和所有的自動(dòng)序列分析儀一同工作，并且因?yàn)樗臉O速Contig組裝、很短的學(xué)習(xí)曲線、用戶友好的編輯工具以及卓越的技術(shù)支持而眾所周知。

【功能特點(diǎn)】

　　1、SNP 檢測(cè)

　　使用 Sequencher 來(lái)進(jìn)行比較對(duì)準(zhǔn)以便鑒別和報(bào)告 SNP 以及突變。

　　例如，調(diào)用第二峰..功能分析你的所有序列以尋找潛在的雜合子。你可以控制定義一個(gè)雜合子的嚴(yán)格度。

　　Sequencher 中國(guó)總代理

　　在裝配總攬中表示出所有雜合子的位置。

　　Sequencher 中國(guó)總代理

　　你可以從一個(gè)雜合子跳到下一個(gè)，而僅僅需要在 Base View 里面按一下空格鍵。你還可以觀察一致及其參考序列的轉(zhuǎn)換。

　　一致及其參考序列的區(qū)別會(huì)列在一個(gè)可導(dǎo)出的表格內(nèi)。參考序列確保從一個(gè)裝配到下一個(gè)裝配時(shí)，SNP 的數(shù)目保持一致。

　　2、序列裝配

　　Sequencher 的裝配算法可以將你的 DNA 片斷快速而又準(zhǔn)確的裝配起來(lái)。自覺的工具允許你在數(shù)秒內(nèi)就可以設(shè)置好參數(shù)并且調(diào)整它們。

　　你完全可以不顧方向的裝配序列。Sequencher 會(huì)比較前端和反轉(zhuǎn)補(bǔ)體方向來(lái)裝配最可能的 Contig。

　　將 Sequencher 的多功能裝配工具應(yīng)用到：

　　確定矢量構(gòu)造

　　裝配病毒和細(xì)菌基因組

　　從 cDNA 庫(kù)中聚類數(shù)以萬(wàn)計(jì)的序列

　　將基因變體和一個(gè)參考序列做對(duì)比

　　創(chuàng)建一個(gè)引物地圖

　　將 cDNA 裝配成基因組序列

　　以及其他許多項(xiàng)目...

　　Sequencher 能夠給你足夠的信心認(rèn)為一個(gè)序列是絕對(duì)正確的。你可以只觀察一個(gè)序列的色譜圖，你也可以從前端或反方向同時(shí)查看多個(gè)對(duì)齊的色譜圖。 在你的已對(duì)齊數(shù)據(jù)中滾動(dòng)是很容易的。你可以使用 Sequencher 的選擇工具來(lái)高亮不一致或者低質(zhì)量的區(qū)域。

　　3、自動(dòng)分析

　　Sequencher 可對(duì)你的數(shù)據(jù)進(jìn)行批處理，這個(gè)過(guò)程是透明、用戶可定義、可恢復(fù)的，并且 Sequencher 從不為了自動(dòng)化的目的而破壞你科學(xué)結(jié)論的正確性。

　　當(dāng)你工作在多個(gè)序列時(shí)，Sequencher 可以：

　　調(diào)用第二峰

　　調(diào)整矢量

　　調(diào)整低質(zhì)量的尾端

　　創(chuàng)建一致序列

　　恢復(fù)到實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)

　　Sequencher 總是管理兩份數(shù)據(jù)，一份編輯過(guò)的，一份則是原始的導(dǎo)入數(shù)據(jù)。當(dāng)你應(yīng)用“Revert to Experimental Data”命令到在你項(xiàng)目中已選定的序列或者在一序列中的選中部分時(shí)，你可以撤銷所有或者部分編輯動(dòng)作。

　　自從 4.5 以后，Sequencher 就包含了一個(gè)新的自動(dòng)化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以選擇片段名的一部分作為一個(gè)共享的標(biāo)識(shí)符，或者說(shuō)是“裝配句柄”。Sequencher 就可以將選擇和名字自動(dòng)轉(zhuǎn)換為 Contig。例如，僅僅通過(guò)一個(gè)按鈕的點(diǎn)擊，你就可以將 90 個(gè)文件，45對(duì)前端和反向序列轉(zhuǎn)換成 45 個(gè)根據(jù)你的病人編號(hào)命名的 Contig。裝配參數(shù)的每個(gè)變化都會(huì)重組你的片段，因此你可以根據(jù)克隆編號(hào)、日期、引物，或者其他任何你記錄在序列名稱中的特征，來(lái)裝配 Contig。

　　如果你做了許多排序，你會(huì)感激“Assemble by Name”，尤其是在你有許多個(gè)帶有一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)引物集的樣本序列時(shí)。事實(shí)上，任何在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些應(yīng)用包括：

　　用于身份鑒定和人口研究的 MHC 和線粒體基因排序。

　　候選基因的 PCR 產(chǎn)品的分析。

　　對(duì)保存的跨系統(tǒng)分類物種基因的排序。

　　通過(guò)跟蹤病毒對(duì)抗病毒劑或疫苗的抗藥性，對(duì)病毒序列進(jìn)行監(jiān)控。

　　即使在項(xiàng)目中只有一個(gè) Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因?yàn)樗_保 Contig 的名稱可以精確的表述樣本的名稱。如果你有命名為“Bob”的樣本，那么正確命名你的 Contig 并不是什么難事，但但你有象“Bob-2309888762-4321”這樣更復(fù)雜的名字時(shí)，允許 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。

　　4、矢量調(diào)整

　　自動(dòng)排序器以基礎(chǔ)調(diào)用錯(cuò)誤生成結(jié)果。從 DNA 庫(kù)克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾，或其他不相關(guān)序列。內(nèi)含子和引物序列通常會(huì)和放大的外顯子序列側(cè)面相連。不調(diào)整的話，這些污染物會(huì)扭曲你的裝配和下游分析。 Sequencher 允許你調(diào)整低質(zhì)量或者含糊的數(shù)據(jù)。“Trim Ends”將令人誤解的數(shù)據(jù)從序列片段的尾部去除。“Trim Vector”將污染序列尾部的特定序列數(shù)據(jù)移除。“Trim to Reference”剔除超出裝配參考序列的序列尾部。

　　在執(zhí)行一個(gè)調(diào)整之前，Sequencher 會(huì)顯示一個(gè)計(jì)劃調(diào)整的圖形描述，這個(gè)功能甚至允許你重新定義你的條件。