BioEdit 是一款專業(yè)強勢的分子生物學應用軟件，可以完成核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進行所有常規(guī)的分析操作，如：序列比對、序列檢索、引物設計、系統(tǒng)發(fā)育分析等。和 DNAMAN 相比，其分析內(nèi)容相對更豐富一些，并且提供了很多網(wǎng)絡程序的分析界面和接口。一個直觀的多文檔界面和方便的功能，使您的桌面計算機序列的對齊和操作相對容易。

【功能特點】

　　手動對齊的四種模式：選擇和滑動、動態(tài)抓取和拖動、鼠標單擊的間隙插入和刪除、以及像文本編輯器一樣的屏幕上打字。

　　在顏色對齊和編輯與單獨的核酸和氨基酸顏色表和全面控制背景顏色。

　　質(zhì)粒繪圖接口，用于從DNA序列自動創(chuàng)建質(zhì)粒載體圖形。容易標記位置，添加箭頭和曲線框的特征，并標記限制性酶切位點。還顯示了詳細的多聯(lián)結(jié)和繪制可移動的箭頭和形狀與繪圖工具。

　　基于動態(tài)信息的對齊陰影。

　　點選彩色表編輯

　　顯示和打印具有專業(yè)外觀輸出的ABI色譜圖。

　　將序列分組為組或家庭。

　　用于同步手對齊調(diào)整的分組序列的鎖定對準。

　　在對齊窗口中用動態(tài)視圖注釋圖形序列，包括特征注釋信息工具提示。

　　鎖定序列以防止意外編輯。

　　指定在氨基酸和核苷酸序列中被認為有效的字符。

　　在選定的列中按名稱、軌跡、定義、加入、PID / NID、引用、注釋或剩余頻率排序序列。

　　通過引用序列合并對齊。

　　將一個對齊方式附加到另一個結(jié)尾。

　　基本系統(tǒng)發(fā)育樹查看器（用于PHYLIP格式樹），允許節(jié)點翻轉(zhuǎn)和打印。

　　在單序列編輯器中口頭讀取序列，以驗證手寫類型的序列條目。

　　讀寫GenBank、FASTA、PHYLIP 3.2、PHYLIP 4和NBRF/PIR格式?，F(xiàn)在還讀取GCG和Clustal格式

　　利用Don Gilbert的RealSeq自動導入和導出11種附加格式，包括MSF、ASN.1、IG/Stanford和Enbl。

　　允許直接從剪貼板導入兼容格式，而不必先保存到文件中。

　　編輯器窗口的快捷菜單的自定義定制

　　RNA對比分析，包括協(xié)變、潛在配對和互信息分析（目前能夠產(chǎn)生矩陣多達10000×10000 -但這將是一個600 + MB文件）矩陣繪圖儀的2-D矩陣輸出表和面積繪圖的個別行的數(shù)據(jù)M阿特里克斯矩陣繪圖儀和線圖都有點和點的數(shù)據(jù)選擇，矩陣繪圖儀和矩陣數(shù)據(jù)的一維線圖現(xiàn)在是動態(tài)鏈接的。

　　用繪圖儀查看非常大的矩陣的截面（測試到5183×5183矩陣＝180 MB文件）

　　查看和操作對齊多達20000個序列。

　　二進制文件格式（BioEdject項目格式）用于快速打開和保存大排列——原核16S rRNA比對（29 MB文件）的6205個序列在233 MHz奔騰下不到10秒打開和保存。

　　用戶自定義偏好的ORF搜索

　　帶密碼子使用的核酸序列的格式化翻譯，選擇一個或三個字母的氨基酸編碼，僅選擇核酸的區(qū)域的翻譯，以及起始/終止密碼子的選擇

　　用于同步和同步編輯同一文件中的兩個不同位置的拆分窗口視圖——垂直或水平分割窗口

　　氨基酸和核苷酸組成分析及繪圖

　　通過氨基酸翻譯對齊蛋白質(zhì)編碼核酸序列。

　　CulsSTW多序列比對（接口內(nèi)部，外部程序由DES希金斯et al.）與對齊的蛋白質(zhì)全標題和GenBank字段信息的自動更新，以及核苷酸序列編碼時，從蛋白質(zhì)序列的核苷酸序列。

　　蛋白質(zhì)疏水性/親水性圖

　　蛋白質(zhì)疏水矩矩陣圖（0～180）

　　在編輯窗口中可供選擇的系統(tǒng)字體

　　限制或任何框架翻譯，多酶選擇和輸出選項，循環(huán)DNA能力

　　制造商瀏覽限制性內(nèi)切酶

　　長度至少4.6 Mb的序列可以被操縱（迄今為止測試的最大序列是大腸桿菌基因組（4.6 MB）——大腸桿菌被打開，反向互補，翻譯成10125個密碼子延伸＞100個氨基酸，并以完整的GenBank注釋打開和保存）。

　　六個框架翻譯，能夠?qū)φ麄€基因組進行原始翻譯（用大腸桿菌基因組測試，約4.6 MB）。

　　保存GenBank格式的EntZEX文件，包含軌跡、定義、登錄、PID、NID、DbS源、關鍵字、源、引用、注釋和完整的特征字段。修改或添加您自己的信息。保存在GenBank格式的多個序列文件保留任何輸入信息。此信息也保存在BIOGEDIT項目文件格式中。

　　通過BIGEDGE圖形應用配置接口配置和運行附件應用程序。

【怎么導入序列】

　　打開 BioEdit 的序列，選中要復制的序列。

　　在Sequence中選擇Extract Positions。

　　輸入起始位置和結(jié)束位置，點OK。

　　鍵盤按Ctrl+C進行復制，新建一個文件，在File中選擇Import from Clipboard?；蛘咧苯訌椭频接浭卤局?。

【怎么分析序列】

　　打開 BioEdit 軟件，將序列粘到文本文檔中，如：“sequence1”，注意用fasta格式：

　　依次點擊BioEdit軟件的"file>open>"將“文本文檔 sequence1”打開：

　　選中“sequence1”后，選中標題欄中“sequence”>"Nucleic Acid">"Restriction Map"

　　在新的界面中選擇“Generate Map”

　　在出現(xiàn)的界面中，即是分析得到的酶切位點圖，可以顯示每個酶切位點在序列中的位置，拖滾動條到最下面，可以看到酶不能切割的酶切位點。

【怎么導出】

　　1、打開 BioEdit 軟件，點擊  File—open打開需要進行比對的多序列

　　2、點擊Edit—select all sequence

　　3、點擊Accessory Application—Clustalw Multiple alignmen

　　將比對結(jié)果導出：

　　點擊  File—Graphic view

　　可以調(diào)整顯示效果，需要對結(jié)果進行調(diào)整標注： File—save as

　　Txt格式可以對結(jié)果進行編輯