Arlequin是專業(yè)的人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)分析軟件，為從事醫(yī)學(xué)、生物學(xué)研究的學(xué)者設(shè)計，擁有可進(jìn)行AMOVA計算、中性檢驗、錯配分布等功能，例如：大量的分子序列數(shù)據(jù)和傳統(tǒng)的等基因頻率，并提供了很多的方法和統(tǒng)計學(xué)檢驗，能夠滿足用戶多種遺傳學(xué)分析方便的需求。

【功能說明】

　　1、Molecular diversity(分子多態(tài)性)

　　2、Mismatch distribution(錯配分布)

　　3、Haplotype frequency estimation(單倍型頻率估計)

　　4、Linkage disequilibrium(連鎖不平衡：檢測不同位點(diǎn)上等位基因的非隨機(jī)關(guān)聯(lián))

　　5、Hardy-Weinberg equilibrium(哈溫—伯格平衡)

　　6、Tajima`s neutrality test(Tajima中性檢驗)

　　7、Fu`s neutrality test(Fu中性檢驗)

　　8、Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性檢驗)

　　以上三個中性檢驗都是基于無限位點(diǎn)模型，適用于DNA sequence 和 RFLP單倍型。

　　9、Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合檢驗，檢測人群的均一性或同質(zhì)性和中性選擇等)

　　10、Minimu Spanning Network(MSN，最小擴(kuò)張樹或稱之為最小支撐樹,，基于分子差異)

　　11、AMOVA 分子差異度分析，用以評測人群的遺傳結(jié)構(gòu)

　　12、Pairwise genetic distances (遺傳距離的估計)

　　13、Exact test of population differentiation (檢測隨機(jī)交配群體單倍型的非隨機(jī)分布)

　　14、Assignment test of genotype (通過估計等位基因頻率將單個基因型分配到特定的人群中)