Cytoscape是一個(gè)開源軟件平臺(tái)，用于可視化復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)并將其與任何類型的屬性數(shù)據(jù)集成。也可用于各種問(wèn)題領(lǐng)域，包括生物信息學(xué)，社交網(wǎng)絡(luò)分析和語(yǔ)義網(wǎng)，支持分子和系統(tǒng)生物學(xué)，基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)中的許多用例。

　　Cytoscape提供了一組用于數(shù)據(jù)集成，分析和可視化的基本功能。附加功能可作為 應(yīng)用程序使用（以前稱為插件）。應(yīng)用程序可用于網(wǎng)絡(luò)和分子譜分析，新布局，其他文件格式支持，腳本以及與數(shù)據(jù)庫(kù)的連接。

【功能說(shuō)明】

　　【支持多種標(biāo)準(zhǔn)】Cytoscape支持很多標(biāo)準(zhǔn)的網(wǎng)絡(luò)和注釋文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 還支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以導(dǎo)入由其他應(yīng)用程序或電子表格程序生成的數(shù)據(jù)文件，如表達(dá)譜或GO注釋。使用該功能，您可以加載和保存節(jié)點(diǎn)、邊和網(wǎng)絡(luò)上的任意屬性。例如，為您的蛋白質(zhì)輸入一組自定義注釋術(shù)語(yǔ)，為您的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用創(chuàng)建一組置信值。

　　【公共數(shù)據(jù)庫(kù)客戶端】Cytoscape是作為一個(gè)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫(kù)，導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫(kù)，并導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫(kù)開發(fā)新的服務(wù)客戶端。

　　【互操作性】由于Cytoscape支持導(dǎo)入/導(dǎo)出標(biāo)準(zhǔn)文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個(gè)由 igraph 或 Bioconductor 生成的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導(dǎo)出，供其他生物信息學(xué)工具或你自己的應(yīng)用程序/腳本使用。

　　從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問(wèn)。你可以使用你選擇的編程語(yǔ)言來(lái)訪問(wèn)Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)，應(yīng)用布局，或圖像導(dǎo)出。

　　【會(huì)話文件】你可以通過(guò)一鍵保存你的工作。所有的設(shè)置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個(gè)會(huì)話文件中。它被稱為Cytoscape會(huì)話（.cys）文件。Cytoscape 會(huì)話文件包括網(wǎng)絡(luò)、屬性(節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò))、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點(diǎn)和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風(fēng)格。

　　【布局】在二維空間布局網(wǎng)絡(luò)。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導(dǎo)向、邊緣加權(quán)和yFiles有機(jī)布局。您也可以使用類似于其他圖形應(yīng)用程序用戶界面的手動(dòng)布局工具。

　　【圖像導(dǎo)出】您可以將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出為可發(fā)布的高質(zhì)量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像（PDF和PS）可以通過(guò)其他應(yīng)用程序（如Adobe Illustrator）進(jìn)行修改，以進(jìn)一步增強(qiáng)。

　　【VizMapper】使用強(qiáng)大的VisualStyles自定義網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)顯示。在網(wǎng)絡(luò)上查看基因表達(dá)比和p值的疊加。  表達(dá)數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點(diǎn)顏色、標(biāo)簽、邊界厚度或邊界顏色等。