cytoscape軟件是一款功能強(qiáng)大的開源網(wǎng)絡(luò)軟件。該軟件用以Tab制表符分隔的文本文檔或Microsoft Excel文件作為輸入，主要可以幫助我們集成，分析和可視化數(shù)據(jù)，比較適合專業(yè)的網(wǎng)絡(luò)人員來使用！

【功能特點】

　　公共數(shù)據(jù)庫客戶端

　　Cytoscape是作為一個網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫，導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫，并導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫開發(fā)新的服務(wù)客戶端。

　　互操作性

　　由于Cytoscape支持導(dǎo)入/導(dǎo)出標(biāo)準(zhǔn)文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導(dǎo)出，供其他生物信息學(xué)工具或你自己的應(yīng)用程序/腳本使用。

　　從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)，應(yīng)用布局，或圖像導(dǎo)出。

　　會話文件

　　你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設(shè)置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話（.cys）文件。Cytoscape 會話文件包括網(wǎng)絡(luò)、屬性(節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡(luò))、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風(fēng)格。

　　布局

　　在二維空間布局網(wǎng)絡(luò)。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導(dǎo)向、邊緣加權(quán)和yFiles有機(jī)布局。您也可以使用類似于其他圖形應(yīng)用程序用戶界面的手動布局工具。

【更新日志】

　　更快的渲染速度

　　提高了渲染性能，并優(yōu)化了與大型網(wǎng)絡(luò)的交互。Cytoscape現(xiàn)在為多達(dá)10,000個節(jié)點和3,000,000條邊的網(wǎng)絡(luò)提供了交互式用戶體驗。

　　新的面板選項

　　你的Cytoscape工作空間現(xiàn)在可以通過新的工作空間面板系統(tǒng)來定制你的可用屏幕空間。面板現(xiàn)在可以最小化，設(shè)置為浮動，或?？吭诠ぷ骺臻g中。

　　自定義工具欄

　　您現(xiàn)在可以選擇項目何時出現(xiàn)在工具欄中，減少雜亂無章的情況，并讓您快速訪問最常用的工具。

　　更新的分析器應(yīng)用程序

　　網(wǎng)絡(luò)分析器的核心應(yīng)用程序已經(jīng)重新設(shè)計。改進(jìn)了用戶界面，并增加了對Cytoscape自動化的支持，以便于從腳本和分析工作流中訪問。

　　標(biāo)簽重新定位工具

　　現(xiàn)在可以在網(wǎng)絡(luò)視圖中快速直觀地定位標(biāo)簽。

　　CyBrowser JavaFX更新

　　CyBrowser，Cytoscape 的網(wǎng)頁瀏覽器，已經(jīng)更新為使用 JavaFX 13。CyBrowser現(xiàn)在與現(xiàn)代網(wǎng)頁和應(yīng)用程序有更大的兼容性。