Geneious Prime是一款功能強(qiáng)大的專業(yè)分子生物學(xué)和序列分析工具套件，為用戶提供了便捷的梯形擬合和峰值調(diào)用功能，幫助用戶快速生成基因型微衛(wèi)星位點(diǎn)和等位基因列表。軟件已經(jīng)成功破解，去除了各種功能限制，用戶可以無限制的免費(fèi)使用軟件的全部功能。

【軟件特色】

　　1、NGS預(yù)處理

　　導(dǎo)入Illumina，PacBio和NanoPore讀取

　　修剪，過濾和解復(fù)用單端和成對端數(shù)據(jù)

　　合并配對的讀

　　重復(fù)數(shù)據(jù)刪除

　　錯(cuò)誤糾正和規(guī)范化

　　濾除嵌合體

　　學(xué)到更多

　　2、制圖和重新組裝

　　只需在業(yè)界領(lǐng)先的制圖算法和從頭組裝算法之間切換

　　支持匯編Sanger和NGS數(shù)據(jù)，包括任何長度的Illumina，PacBio和Oxford納米孔讀取，包括雙端讀取和混合裝配

　　組裝微生物基因組，質(zhì)粒和其他環(huán)狀序列時(shí)產(chǎn)生環(huán)狀重疊群

　　基因組比較和MAUVE基因組比對結(jié)束

　　映射程序包括BBMap，Minimap2，Bowtie2和TopHat

　　從頭組裝算法，包括SPAdes，F(xiàn)lye，MIRA，Tadpole和Velvet

　　3、變體調(diào)用和表達(dá)分析

　　使用FreeBayes調(diào)用SNP /變體

　　使用同步的基因組視圖對表格結(jié)果進(jìn)行實(shí)時(shí)過濾

　　在映射的RNA-seq數(shù)據(jù)上計(jì)算和比較表達(dá)水平

　　使用PCA和火山圖進(jìn)行可視化

　　4、序列分析

　　修剪，組裝和查看Sanger測序跟蹤文件

　　更正基礎(chǔ)調(diào)用并創(chuàng)建共識序列

　　注釋主題，ORF和重復(fù)

　　預(yù)測基因和結(jié)構(gòu)元素

　　通過針對數(shù)據(jù)庫的相似性搜索進(jìn)行實(shí)時(shí)注釋

　　快速翻譯選擇內(nèi)容，或顯示注釋或所選框架的翻譯

　　動(dòng)態(tài)圖和統(tǒng)計(jì)信息，用于序列特性，例如pI，分子量，熔點(diǎn)，AA組成等

　　5、序列比對

　　DNA或蛋白質(zhì)的多重和成對序列比對，包括全基因組比對

　　與包括Aligner，MUSCLE，MAFFT，Clustal Omega，MAUVE和LastZ在內(nèi)的可信算法保持一致

　　使用實(shí)時(shí)翻譯和突出顯示查看和編輯路線

　　6、系統(tǒng)發(fā)育學(xué)

　　使用Geneious Prime 2021樹構(gòu)建器，MrBayes，PAUP *，PhyML，RAxML等構(gòu)建樹

　　可視化，編輯和標(biāo)記您的樹

　　交互式距離矩陣查看器

　　出版物質(zhì)量出口

　　7、微衛(wèi)星分析

　　導(dǎo)入原始ABI跟蹤文件

　　修剪，預(yù)測和手動(dòng)調(diào)整峰

　　Bin進(jìn)入等位基因

　　產(chǎn)生等位基因調(diào)用的表格輸出

　　8、分子克隆

　　查看質(zhì)粒圖譜，自動(dòng)注釋載體以及帶有注釋的復(fù)制粘貼序列

　　一步式GoldenGate（IIS類型）和限制克隆

　　基于同源性的克隆，包括Gibson，GeneArt和In-Fusion

　　TOPO克隆

　　克隆操作的父母/后代血統(tǒng)追蹤

　　密碼子優(yōu)化和反向翻譯

　　沉默突變分析以發(fā)現(xiàn)潛在的限制性酶切位點(diǎn)

　　模擬PCR，消化和連接

　　CRISPR站點(diǎn)查找器

　　9、底漆設(shè)計(jì)

　　自動(dòng)設(shè)計(jì)針對任何目標(biāo)區(qū)域或整個(gè)序列的PCR和測序引物以及雜交探針

　　在序列視圖中輕松添加引物

　　設(shè)計(jì)基本和簡并PCR引物

　　在設(shè)計(jì)過程之前，之中或之后添加和刪除引物序列的延伸

　　引物特異性測試，以檢查模板序列上是否有其他結(jié)合位點(diǎn)

　　篩選物理性質(zhì)，發(fā)夾和引物二聚體

　　以FASTA，電子表格或GenBank格式拖放引物

　　10、數(shù)據(jù)管理與協(xié)作

　　拖放導(dǎo)入文件和文件夾，包括 Vector NTI數(shù)據(jù)庫

　　將電子表格中的元數(shù)據(jù)導(dǎo)入序列和其他文檔

　　智能NGS導(dǎo)入–一步導(dǎo)入任何種類的SAM，BAM，GFF，BED和VCF文件

　　直觀的基于文件夾的項(xiàng)目組織

　　無縫集成共享數(shù)據(jù)庫

　　快速搜索數(shù)據(jù)庫中的所有序列和元數(shù)據(jù)

　　廣泛的出口選擇

　　11、搜索和爆炸

　　直接訪問NCBI公共BLAST數(shù)據(jù)庫

　　私人本地?cái)?shù)據(jù)庫的自定義BLAST

　　集成搜索外部數(shù)據(jù)庫，包括GenBank和UniProt

　　將序列直接上傳到GenBank

　　在PubMed中搜索文獻(xiàn)

　　針對本地或共享數(shù)據(jù)庫的高級搜索

　　12、工作流程

　　使用可視化編輯器創(chuàng)建用于自動(dòng)化批量分析的工作流

　　超過20種內(nèi)置工作流，用于執(zhí)行管道，包括將變體應(yīng)用于參考序列，圖譜讀取然后查找SNP和隨機(jī)采樣序列

　　通過編寫自定義代碼工作流的選項(xiàng)擴(kuò)展功能

　　13、API和開發(fā)人員

　　使用插件開發(fā)套件添加特殊功能或與其他系統(tǒng)集成

　　添加您喜歡的算法，數(shù)據(jù)庫或可視化

【使用教程】

　　一、RNA/DNA二級結(jié)構(gòu)折疊查看器

　　1、默認(rèn)情況下，當(dāng)選擇寡序列中僅示出這個(gè)瀏覽器。如果要在非寡核苷酸序列上使用RNA折疊，請轉(zhuǎn)到工具→首選項(xiàng)→外觀和行為，然后啟用顯示所有序列上的顯示DNA/RNA折疊視圖選項(xiàng)。這將顯示任何小于3000 bp序列的標(biāo)簽。如果選擇的序列是DNA，則選項(xiàng)卡將標(biāo)記為DNA Fold，如果是RNA，則將標(biāo)記為RNA Fold。

　　2、折疊預(yù)測由Vienna package RNAfold工具執(zhí)行。

　　使用“查看選項(xiàng)”，可以打開/打開和著色基礎(chǔ)，翻轉(zhuǎn)坐標(biāo)，突出顯示序列的開始（藍(lán)色）和結(jié)束（紅色）并旋轉(zhuǎn)模型。與其他查看器一樣，您可以放大模型并拖動(dòng)視圖，或者使用與序列查看器相同的鍵盤修改器使用滾輪。選擇在序列視圖和折疊視圖之間同步。此外，在拆分視圖模式下，折疊查看器在放大時(shí)將滾動(dòng)到所選區(qū)域。默認(rèn)情況下，將使用“按概率顏色”，其中紅色堿基是堿基在配對區(qū)域中彼此配對或在未配對區(qū)域中不配對的可能性最大的堿基。綠色是中間點(diǎn)，藍(lán)色是最低的概率。僅當(dāng)使用分區(qū)功能時(shí)，才可以按概率進(jìn)行顏色設(shè)置。更改它們的設(shè)置時(shí)，“計(jì)算選項(xiàng)”將重新運(yùn)行RNAfold，因此，根據(jù)序列的大小，可能會(huì)有明顯的重新計(jì)算時(shí)間。

　　二、3D蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)查看器

　　對于分子結(jié)構(gòu)文檔，例如PDB文檔，這將顯示該結(jié)構(gòu)的交互式三維視圖。

　　1、結(jié)構(gòu)視圖操縱

　　單擊并拖動(dòng)鼠標(biāo)以旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)。

　　按住Alt或Shift鍵，然后單擊并拖動(dòng)以放大/縮小

　　按住Ctrl鍵，然后右鍵單擊并拖動(dòng)以進(jìn)行平移；如果使用Mac，請按住并按住Ctrl鍵和Alt / Option，然后拖動(dòng)以進(jìn)行平移。

　　2、選擇控件

　　結(jié)構(gòu)右側(cè)是控件，可讓您控制結(jié)構(gòu)的選定部分。

　　如果您正在查看的結(jié)構(gòu)包含多個(gè)模型，則可以在模型組合框中進(jìn)行選擇。

　　選擇按鈕使您可以選擇結(jié)構(gòu)的全部，無選擇或未選擇的區(qū)域，以及按元素，組類型或輔助結(jié)構(gòu)選擇。

　　突出顯示選中的復(fù)選框可讓您選擇是否在結(jié)構(gòu)視圖中突出顯示選定的原子。

　　結(jié)構(gòu)樹以樹格式顯示結(jié)構(gòu)中的原子。單擊樹中的區(qū)域以選擇那些區(qū)域。您也可以按住Shift鍵和Ctrl鍵單擊一次以選擇多個(gè)區(qū)域。

　　該命令框使您可以鍵入任意的jmol腳本命令。要查看一些示例，請?jiān)诳虻南吕藛沃羞x擇一個(gè)預(yù)先填充的選項(xiàng)。

　　3、顯示菜單

　　查看器頂部是顯示菜單。您可以在此處修改結(jié)構(gòu)的外觀。

　　“重置”使您可以重置結(jié)構(gòu)的位置，將結(jié)構(gòu)的外觀重置為默認(rèn)外觀，或者將結(jié)構(gòu)的外觀重置為其上次保存時(shí)的外觀。

　　顏色使您可以更改原子所選區(qū)域的配色方案。

　　樣式可讓您將分子所選區(qū)域的樣式更改為例如空格或卡通視圖。

　　原子使您可以隱藏原子或更改分子在選定區(qū)域中的大小。您還可以選擇是否顯示氫原子和原子符號。

　　鍵使您可以隱藏鍵或在分子的選定區(qū)域中更改鍵的大小。共價(jià)鍵/離子鍵，氫鍵和二硫鍵可分別受影響。

　　“效果”使您可以切換整個(gè)分子的自旋，抗鋸齒，立體和平板效果。

　　保存可保存分子的當(dāng)前外觀。

　　三、查看，編輯和提取注釋

　　1、注釋用于描述和可視化序列和比對中的特征，例如編碼區(qū)域，限制位點(diǎn)和重復(fù)元件。 注釋可以直接在序列查看器中的序列上注釋，也可以在邏輯上分為軌道。 軌道是一個(gè)或多個(gè)注釋類型的集合。 軌道垂直堆疊在所討論的序列下方，每個(gè)軌道及其注釋都有單獨(dú)的一行。

　　2、批注可能具有一個(gè)或多個(gè)與之關(guān)聯(lián)的屬性或限定符。 這些可以在創(chuàng)建注釋時(shí)添加，也可以在以后通過編輯注釋添加。 要查看給定注釋的屬性，請將鼠標(biāo)放在序列查看器中。 這將顯示一個(gè)工具提示，列出該批注的名稱，類型，長度，間隔和順序以及任何其他限定符，通過將鼠標(biāo)懸停在注釋上來顯示注釋屬性和限定符

　　四、填充注釋

　　Geneious Prime 2021具有許多為序列添加注釋的功能。 它們可以手動(dòng)添加，從外部來源導(dǎo)入，從其他序列轉(zhuǎn)移或作為結(jié)構(gòu)或基因預(yù)測步驟的一部分添加。

【破解說明】

　　1、首先從本站下載數(shù)據(jù)包然后解壓，得到安裝程序“Geneious_Prime_win64_with_jre.msi”，鼠標(biāo)雙擊運(yùn)行進(jìn)入安裝向?qū)c(diǎn)擊“next”進(jìn)入下一步

　　2、選擇第一項(xiàng)“I accept the terms of the license agreement”(我接受許可協(xié)議的條款)，再點(diǎn)擊“next”進(jìn)入下一步|

　　3、選擇安裝位置，默認(rèn)路徑為“C:\Program Files\Geneious Prime\”，建議最好不要安裝到系統(tǒng)盤（C盤）

　　4、勾選“create a dessktop icon”(創(chuàng)建一個(gè)桌面圖標(biāo))

　　5、軟件安裝需要一些時(shí)間請耐心等待即可

　　6、當(dāng)安裝完成后點(diǎn)擊“finish”即可退出安裝向?qū)?/p>

　　7、安裝完成后先不要運(yùn)行，回到剛才下載的數(shù)據(jù)包中將破解補(bǔ)丁復(fù)制道軟件的安裝目錄中替換原文件即可

　　8、最后軟件軟件即可開始免費(fèi)使用，破解完成