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SnapGene6破解版是一款非常優(yōu)秀的分子生物學(xué)軟件。該軟件為用戶提供了可視化、模擬、避免錯(cuò)誤、自動(dòng)記錄、擁有您的數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)換文件格式等不同的優(yōu)勢(shì),新的版本中增加了新功能和顯示選項(xiàng),非常適合一些專業(yè)的人員來使用!
一、想象
1、DNA可視化
查看DNA序列的多個(gè)視圖。
地圖 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 歷史
自定義酶位點(diǎn),特征,引物,ORF,DNA顏色等的顯示。地圖可以是圓形或線性格式。
使用雙鏈模式查看酶位點(diǎn),具有翻譯,引物和DNA顏色的特征。單鏈模式顯示具有彩色特征的緊湊概覽。
從一系列酶組中選擇。剪切網(wǎng)站可以顯示為數(shù)字或行,按名稱或頻率排序。
按名稱,位置,大小,顏色,方向性或類型對(duì)帶注釋的要素列表進(jìn)行排序。復(fù)選框在緊湊或完全展開的顯示之間切換。
按名稱,長度,顏色,結(jié)合位點(diǎn),方向性或解鏈溫度對(duì)雜交引物列表進(jìn)行排序。復(fù)選框在緊湊或完全展開的顯示之間切換。
查看DNA構(gòu)建體的自動(dòng)生成的圖形歷史記錄。祖先序列可以作為單獨(dú)的文件恢復(fù)
2、大序列支持
瀏覽染色體大小序列。
查看 · 搜索 · 縮放
利用SnapGene的高效數(shù)據(jù)處理功能,掃描具有數(shù)千種注釋功能的大型DNA序列。
使用專有的MICA算法立即在染色體內(nèi)找到序列。
使用多功能控件調(diào)整縮放系數(shù)和顯示區(qū)域。
3、蛋白質(zhì)可視化
查看蛋白質(zhì)序列的多個(gè)視圖。
地圖 · 序列 · 屬性 · 特征 · 歷史
自定義區(qū)域,站點(diǎn),鍵和序列顏色的顯示。
使用具有相關(guān)特征的1-或3個(gè)字母的氨基酸代碼查看蛋白質(zhì)序列。
查看蛋白質(zhì)的分子量,消光系數(shù),等電點(diǎn)和氨基酸組成??梢詫?duì)蛋白質(zhì)的選定部分進(jìn)行相同的分析。
按名稱,位置,大小,顏色或類型對(duì)帶注釋的功能列表進(jìn)行排序。復(fù)選框在緊湊或完全展開的顯示之間切換。
查看自動(dòng)生成的蛋白質(zhì)序列圖形歷史記錄。祖先蛋白質(zhì)或DNA序列可以作為單獨(dú)的文件再生。
4、直觀的序列編輯
輕松編輯DNA和蛋白質(zhì)序列。
標(biāo)準(zhǔn)編輯 · DNA結(jié)束
進(jìn)行插入,刪除,替換和大小寫更改。復(fù)制并粘貼序列時(shí),會(huì)自動(dòng)傳輸功能。
編輯線性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯。
5、序列顏色編碼
將選定的DNA或氨基酸序列設(shè)置為十種顏色之一。
給兩條DNA鏈或蛋白質(zhì)序列著色。顏色在Map和Sequence視圖中都可見。
6、特征注釋
自動(dòng)注釋常用功能,或手動(dòng)注釋新功能。
自動(dòng)特征檢測(cè) · 手動(dòng)特征注釋
使用SnapGene廣泛的數(shù)據(jù)庫查找DNA序列中的常見特征。您選擇的其他功能可以添加到自定義數(shù)據(jù)庫中。
選擇DNA或蛋白質(zhì)序列的一部分,并使用靈活的GenBank兼容控件注釋特征。
二、模擬
1、限制性站點(diǎn)指標(biāo)
確認(rèn)限制性網(wǎng)站適合克隆。
獨(dú)特性 · 甲基化敏感性 · 特殊性質(zhì)
以粗體顯示獨(dú)特的限制性位點(diǎn),或選擇自動(dòng)定義的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶組。
不要被愚弄,因?yàn)橄拗菩晕稽c(diǎn)被Dam,Dcm或EcoKI甲基化阻斷。SnapGene將自動(dòng)用星號(hào)標(biāo)記該站點(diǎn)。
利用工具提示來避免有問題的限制網(wǎng)站。
2、限制性克隆
可視化克隆過程的所有方面。
如果您已經(jīng)考慮過程,則模擬只需幾秒鐘。如果克隆過程存在設(shè)計(jì)缺陷,則可以捕獲并糾正錯(cuò)誤。
3、PCR
模擬標(biāo)準(zhǔn)PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自動(dòng)設(shè)計(jì)引物。產(chǎn)品文件在其歷史記錄中存儲(chǔ)模板和引物。
4、重疊延伸PCR
通過重疊延伸PCR融合片段
最多可組裝八個(gè)碎片。選擇要連接的片段及其方向,SnapGene將設(shè)計(jì)引物。
5、引物定向誘變
使用誘變引物進(jìn)行定點(diǎn)誘變。
選擇誘變引物,按下按鈕查看修飾的質(zhì)粒。歷史顏色突出了突變。
6、網(wǎng)關(guān)®克隆
模擬網(wǎng)關(guān)® BP克隆或LR克隆,或兩者在同一時(shí)間。
為方便起見,提供了常見的供體向量和目的向量。選擇要組裝的片段,SnapGene將設(shè)計(jì)引物。
7、吉布森大會(huì)®
通過融合多達(dá)八個(gè)片段或通過將多達(dá)八個(gè)片段插入向量來模擬Gibson Assembly。Gibson Assembly是一種流行的無縫克隆方法。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設(shè)計(jì)引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產(chǎn)生。
8、IN-FUSION ®克隆
通過在向量中插入最多八個(gè)片段來模擬Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一種非常通用的方法,可用于創(chuàng)建無縫基因融合。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設(shè)計(jì)引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產(chǎn)生。
9、TA和GC克隆
通過TA或GC克隆捕獲PCR產(chǎn)物。
選擇傳統(tǒng)的TA克隆或高效GC克隆。
為方便起見,提供了常見的TA克隆載體和Lucigen的GC克隆載體。
10、退火Oligos
退火兩個(gè)寡核苷酸形成雙鏈產(chǎn)物。
使用簡單的控件添加突出限制克隆。
把crack中的SnapGene.exe復(fù)制到安裝目錄中,默認(rèn)C:\ Program Files(x86)\ SnapGene,點(diǎn)擊替換目標(biāo)中的文件
限制性克隆的技巧
對(duì)于許多應(yīng)用,常規(guī)限制性克隆仍然是最好的方法。一些簡單的技巧將有助于確保您的克隆順利進(jìn)行。
1、一般技巧
首先,在程序的每一步都要小心。從長遠(yuǎn)來看,這種方法可以節(jié)省時(shí)間。
確保DNA非常干凈。當(dāng)制備載體或切除待插入的片段時(shí),從約2μg的DNA開始。
每次酶促反應(yīng)后,用旋轉(zhuǎn)柱純化DNA。在40-45μl的10mM Tris(pH8.5)中洗脫DNA,然后進(jìn)行下一步反應(yīng)。(在用凝膠純化DNA之前不需要使用旋轉(zhuǎn)柱。)
為了最大限度地提高效率,請(qǐng)盡量減少程序中的步驟數(shù)。例如,將鈍端片段克隆到鈍性載體位點(diǎn)(例如SmaI位點(diǎn))比將其用Klenow或T4 DNA聚合酶鈍化的位點(diǎn)更好。
如有疑問,用凝膠純化DNA。更清潔的起始材料將產(chǎn)生更好的結(jié)果。
2、準(zhǔn)備矢量
限制性克隆最常見的問題是在手術(shù)后恢復(fù)起始載體。該問題有兩個(gè)原因:載體的不完全消化,以及切割載體與其自身的重新連接。下面描述的技巧將最大限度地減少這些影響。
確保載體的消化完成。使用過量的限制酶(約20 U,2μgDNA),消化約4小時(shí)。如果載體需要用兩種具有不同最佳反應(yīng)緩沖液的酶切割,則依次進(jìn)行消化,并在其間進(jìn)行旋轉(zhuǎn)柱純化。
消化載體(并且如果合適的話鈍化),用磷酸酶處理:在37℃下1小時(shí)處于5'突出端,或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端則在50℃處理1小時(shí)。
用旋轉(zhuǎn)柱除去磷酸酶。通常不需要對(duì)載體進(jìn)行凝膠純化,因?yàn)榱姿崦柑幚頃?huì)使產(chǎn)生的任何額外DNA失活。
3、使用載體,確保消化和磷酸酶反應(yīng)完成。徹底和反復(fù)地渦旋混合物,并且不允許任何液滴逃脫酶處理。在渦旋后短暫旋轉(zhuǎn)以確保管側(cè)沒有留下液滴是個(gè)好主意。
準(zhǔn)備插入的片段
為了制備插入的片段,不完全消化不是一個(gè)嚴(yán)重的問題,因?yàn)槠蔚牟糠只厥帐强山邮艿?。您可以使用相?duì)較短的消化時(shí)間,對(duì)于雙重消化,您可以使用對(duì)一種或兩種酶來說不是最理想的反應(yīng)緩沖液。
用凝膠純化插入的片段。除去除不需要的或不完全消化的DNA外,該方法還可去除酶和小分子。當(dāng)用透照儀觀察DNA條帶時(shí),不要使用312nm或更低的短波紫外線,因?yàn)镈NA會(huì)受到嚴(yán)重?fù)p害。請(qǐng)改用360-365 nm紫外燈。
如果通過PCR產(chǎn)生插入的片段,則在進(jìn)行任何限制性消化之前用凝膠或旋轉(zhuǎn)柱純化。如果您計(jì)劃將平末端PCR片段(用聚合酶如Pfu產(chǎn)生)克隆到磷酸酶處理的載體中,請(qǐng)確保您的PCR引物含有5'-磷酸。
結(jié)扎和轉(zhuǎn)化
使用磷酸酶處理的載體,進(jìn)行對(duì)照連接,其中省略插入的片段。該對(duì)照連接應(yīng)該產(chǎn)生非常少的轉(zhuǎn)化體,因?yàn)橹挥协h(huán)狀DNA分子有效地轉(zhuǎn)化大腸桿菌,并且在不與磷酸化片段連接的情況下不能發(fā)生載體的再環(huán)化。
如果DNA僅有粘性末端,則在室溫下連接約1小時(shí)。如果DNA具有任何平端,則在室溫下連接約4小時(shí)并使用高濃度T4連接酶。
微量制作和診斷摘要
如果您使用插入的片段獲得了比用于對(duì)照連接的結(jié)扎更多的轉(zhuǎn)化體,那么您的克隆幾乎肯定會(huì)起作用,并且您通常只能制作3-4個(gè)小量制備物。
在執(zhí)行小量制備的診斷限制摘要時(shí),始終包括起始向量作為參考標(biāo)準(zhǔn)。
標(biāo)簽: SnapGene6 SnapGene 生物分析 分子生物學(xué)
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